آنچه باید بدان اشاره کرد این است که مراجع معظم تقلید نیز در دیدارهای مکرری که خانواده امام موسی صدر با ایشان داشته اند، همواره بر اجازه ندادن به قذافی برای ورود به ایران، از آن زمان تا کنون تاکید کرده اند. حضرات آیات عظام صافی گلپایگانی، فاضل لنکرانی، یوسف صانعی، وحید خراسانی و دیگر مراجع معظم، همواره بر این نکته تاکید داشته اند. به طور نمونه آیت الله العظمی صافی گلپایگانی غیر از اینکه قذافی را رباینده امام موسی صدر می دانند، پیش از آن، وی را دشمن امیرالمومنین شمرده و او را از جمله اهانت کنندگان به حضرت علی(ع) می دانند.

شهید بزرگوار دکتر مصطفی چمران نیز در این باره می گویند:
«قذافی و معاونش جلود نسبت به شیعیان حقد و کینه فراوان دارند. چهار سال پیش، هنگامی که جلود به خلیج فارس رفته بود، در کویت یا ابوظبی به شیعیان ایران اهانت کرد و آنها را خارج از دین نامید». (۱)

چندی پیش نیز در پی انتشار خبر شایعه دعوت جمهوری اسلامی ایران از رهبر لیبی از سوی دفتر معمر قذافی، مراجع معظم تقلید و خانواده امام و نیز علاقه مندان فراوان ایشان اعتراض کردند. از جمله مراجع تقلید پیام هایی به دولت ارسال کردند که تکذیب سفیر ایران در لبنان و سخنگوی وزارت امور خارجه و همچنین معاون پژوهشی وزیر امورخارجه را در پی داشت.